伝染性軟属腫（みずいぼ）の主な治療は摘除ですが、自然消退を待つこともあります。
なお、平成22年7月に、日本臨床皮膚科医会、日本小児皮膚科学会、日本皮膚科学会、日本小児感染症学会の4学会が伝染性軟属腫の治療および学校への出席の可否について以下の統一見解を出しています。

伝染性軟属腫の一般的な治療として鑷子などによる摘除が行われていますが、痛みを伴うため、処置時の疼痛緩和処置が推奨されています。
なお、伝染性軟属腫には14～50日程度の潜伏期間があるため、一旦治療をしても、すでに感染していたウイルスによって軟属腫が再発することがあります。いずれの方法でも、数回にわたって治療する必要があることを、あらかじめ患者および保護者に伝えておくことが大切です。